Quê gốc Nguyễn Thân là làng Thạch Trụ, huyện Mộ Đức, tỉnh Quảng Ngãi. Cha là Nguyễn Tấn, một võ quan triều Tự Đức, nhờ dùng mưu kế, thu phục được các sắc dân ở Đá Vách (Quảng Ngãi). Tương truyền Nguyễn Tấn ăn đường Phèn, người Đá Vách tưởng ông ăn đá cuội, nên tôn ông làm "thần tướng". Theo lời của Nguyễn Thân:cha tôi làm tướng trông coi vùng núi Quảng Ngãi, Bình Định và Quảng Nam.[2]

Cha của Nguyễn Thân chết khi còn trẻ, Nguyễn Thân kế nhiệm chức của cha mình, các bộ tộc này lại nổi dậy, triều đình sai Nguyễn Thân đi đánh dẹp, biết ông là con của "thần tướng", họ lui quân. Lập được công, Nguyễn Thân trở nên nổi tiếng [3].